蛋白生物標志物發現是理解病理的非常重要的一步,也是在藥物研發過程中,鑒定潛在藥物和診斷目標物的重要一步。血漿和血清是關于一個人健康與否信息的重要來源,盡管投入了大量資金,但很少有新的生物標志物能真正進入臨床。因此需要使用一個相對定量的差別分析方法,發現這些假定的、跟疾病有關的標志物,并要求嚴格的實驗放方法來減少樣本與樣本之間的差異性?;謚勢椎牡鞍字首檠且恢智痹詰那看蠛陀星巴鏡募際?,它可以定量和特異性地分析血漿蛋白質組。通過對之前的研究回顧,不難發現紅細胞溶解、血小板污染和部分凝血引起的質量問題會影響所有生物標志物研究中占比的50%,同時如何尋找一些有效方法降低候選生物標記的錯配,必然會對生物標記的發現存在重要指導意義。2019年9月30日, 德國馬普生化研究所所長、世界著名蛋白質組學專家 Matthias Mann 教授將其最新的研究成果發表在了國際學術期刊EMBO Molecular Medicine(IF=10.624 )上。他們利用血漿蛋白質組分析,發現了三個質量標記面板,這些質量標記面板報告了血漿樣品在紅細胞裂解、血小板污染和部分凝血方面的狀態。這些面板可以識別到個別樣本質量好壞與否,并糾正在生物標志物研究中的系統性偏差。同樣,它們也可以用來評估一種新的生物標志物候選是否與污染源之一有關。最后,作者還進一步提供了樣本制備指南和在線資源,以評估臨床研究中個別樣...
發布時間: 2019 - 10 - 21
腦膜瘤(Meningiomas)是起源于腦膜及腦膜間隙的衍生物,是一種常見的顱內腫瘤。我國腦膜瘤患者眾多,發病率占顱內腫瘤的19.2%,居第2位,是最常見的腦腫瘤之一。腦膜瘤具有臨床異質性,有時很難用經典的組織病理學特征進行判別。盡管新興的分子譜分析工作已將特定的基因組驅動因素與獨特的臨床模式聯系在一起,但腦膜瘤的蛋白質組學研究仍未得到充分探索。近日,來自加拿大瑪格麗特公主癌癥中心和多倫多大學的研究人員在Neuro-Oncology發表論文,利用基于質譜的蛋白質組學技術,分析了61列福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)的腦膜瘤樣本蛋白質組學特征。研究結果表明,不同等級和臨床參數的腦膜瘤表現出不同的蛋白質組學特征。這些蛋白質組學變異在幫助更好地預測患者預后以及開發新型治療靶標方面具有潛在的適用性。 研究背景1. 無監督聚類分析將腫瘤定位作為驅動蛋白組學模式的關鍵臨床特征69個隊列樣本中有61個成功通過了高相關性的質量控制過濾器(1B),每個樣本平均鑒定2079個蛋白質,共鑒定出3042個獨特的蛋白質。對細胞成分、生物學過程和分子功能的初步分析表明,這些蛋白跨越不同的細胞間隔(胞外外泌體、細胞質、細胞核、細胞膜、線粒體)和功能(蛋白結合、聚(A) RNA結合、ATP結合、鈣粘蛋白結合)。為了評估這些蛋白模式是否與任何特定的臨床注釋相關,研究者首先通過非矩陣因子分解方法進...
發布時間: 2019 - 10 - 18
肥胖可導致2型糖尿病,心血管和肝臟疾病等一系列疾病,甚至影響女性懷孕與生育,是當代醫學面臨的一個嚴重的公共衛生問題。不同個體發生肥胖的原因也高度各異,個體遺傳學的差異有助于,但還不能充分解釋這種異質性發生的原因。更好地認識導致肥胖傾向的非遺傳因素可能有助于識別個體發展為肥胖的風險,改善本病狀態。目前,科學研究發現人體內腸道微生物群與肥胖有關,其中微生物群組成影響代謝信號的一個途徑是通過脂多糖(LPS)誘發炎癥反應,腸道微生物代謝產生的LPS,通過TLR4激活產生包括腫瘤壞死因子 (TNF-α)和白細胞介素- 6 (IL - 6) 在內的炎癥分子,這些因子會干擾瘦素和胰島素信號傳導途徑。除此之外,微生物群的組成也會影響食物能量的吸收。2019年7月1日,來自喬治亞州立大學和加州大學的Andrew Gewirtz和David J. Gonzalez團隊合作在蛋白質組學Top期刊MCP上發表題為Associations of the fecal microbial proteome composition and proneness to dietinduced obesity文章。研究人員運用宏蛋白質組學等技術對腸道微生物群展開研究,研究揭示了腸道微生物群與飲食誘發肥胖的關系,發現糞便微生物宏蛋白組可作為預測飲食誘導的肥胖的微生物生物標志物。&#...
發布時間: 2019 - 10 - 16
在直腸癌和胰腺導管腺癌中,最常見的KRAS基因突變使原本處于氨基酸序列中第12位的甘氨酸突變成天冬氨酸(KRASG12D)導致KRAS蛋白處于始終激活狀態,并最終導致患者生存期變短和不良預后的后果。因此,KRAS蛋白是一個具有高價值的藥物作用靶點,然而目前把它作為一個可直接針對的藥物靶點還未取得巨大突破。近日,麻省理工大學的研究人員在著名學術期刊Cell Systems上發表論文,利用蛋白組和磷酸化修飾組學系統研究由KRAS基因突變所引發直腸癌和胰腺癌中信號通路的變化。結果發現了數個參與了KRAS蛋白調節信號通路的非經典致瘤調節因子并且通過統計人性化分析(statistical humanization)結合小鼠和人類的蛋白磷酸化組學數據揭露了跨種屬(cross-species)的治療方向。作者首先通過TMT定量蛋白質組和磷酸化組(質譜策略)對KrasG12D和KrasWT結腸上皮組織,結腸癌組織,胰腺組織和胰腺癌組織(樣本策略)進行了鑒定和比較。在這四個不同的組織中,KrasG12D導致了93個蛋白和43個磷酸化位點發生了顯著的差異表達。作者通過運用PPIN(protein-protein interaction network)繪制了一幅以KRAS為核心的網絡圖。通過這幅網絡圖,作者不僅發現一些已知的KRAS 調節因子和效應因子,還發現了一些新的可被KRAS...
發布時間: 2019 - 10 - 15
編輯注 | 我們一直致力于打造蛋白質組學領域最自由的學術交流平臺,專家視界是我們的一次嘗試。我們會不定期邀請領域內的專家與學者,或分享他們的見解、體驗和對未來的展望,內容涉及科研、臨床、運用等蛋白質組學各個方向,歡迎關注!馬克斯·普朗克生物化學研究所(Max Planck Institute of Biochemistry)的Jürgen Cox教授領導的計算系統生物化學小組開發了用于鑒定和定量細胞、動物組織和體液分子成分的計算方法。該研究小組致力于利用來自基于質譜技術(MS)的蛋白質組學研究和高通量測序技術(NGS)所產生的大數據,通過計算統計分析和計算機建模,來實現識別生物分子的相互作用并破譯其生理功能。 ▲  Professor Jürgen Cox通過和Matthias Mann教授領導的研究部門合作,Cox團隊開發出了MaxQuant軟件——一種用于蛋白質組學定量分析軟件工具,可用于分析MS所產生的數據。憑借著嚴謹而強大的功能,以及對眾多平臺的廣泛支持性,MaxQuant業已成為蛋白質組學研究中最常用的搜庫軟件平臺之一。其集成的MaxLFQ定量??楹蚼atch between runs功能,使得其在label-free定量方面的表現尤其突出。此外,Cox團隊的研究還集中在醫學上,他所開發的方法可在其他廣...
發布時間: 2019 - 10 - 15
景杰學術/報道腫瘤的免疫治療作為一種創新的治療方式,顯著提高了患者的生存率,已成為腫瘤治療研究領域的一大熱點。2018年諾貝爾生理學或醫學獎授予了美國免疫學家詹姆斯·艾利森(James Allison)和日本免疫學家本庶佑(Tasuku Honjo),以表彰他們在癌癥免疫療法的貢獻。 ▲ 2018 年諾貝爾醫學及生理學獎獲獎者:James Allison(左)、本庶佑(右)免疫檢查點抑制劑(ICIs)目前被認為是黑色素瘤免疫治療的主流,特別是針對細胞毒性T淋巴細胞相關蛋白4 (CTLA-4)或程序性死亡1 (PD1)免疫檢查點的抗體,然而大約50%的患者對治療沒有反應。與廣泛的轉錄組學研究相比,黑色素瘤的深入蛋白質組學分析尚未很好的開展。9月19日,國際頂級學術期刊Cell在線發表了題為“Proteomics of Melanoma Response to Immunotherapy Reveals Mitochondrial Dependence”的文章。研究人員通過對接受腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)或抗程序性死亡(PD1)免疫治療的晚期黑色素瘤患者的蛋白質組學研究,表明了黑色素瘤的代謝狀態與免疫治療反應之間的關系。研究運用蛋白質組學定量技術,召集了兩組使用TIL或抗PD1治療的患者進行研究。對116名患者的分析顯示,兩種治療方案的...
發布時間: 2019 - 10 - 15
肝癌在全球范圍內癌癥死因占據第四并呈現逐年遞增的趨勢,對人們的健康造成嚴重的威脅。肝細胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)占肝癌總數的85%-90%,而慢性乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)感染是導致我國肝癌發生的最主要原因,約85%的肝細胞癌患者攜帶HBV感染標志。盡管已有針對肝癌的基因組相關研究工作,但并非所有癌癥的DNA水平變異都具有明確的生物學意義,這些快速增長的組學數據并沒有帶來新的生物標記物和臨床藥物靶標的發現。在今年初賀福初院士團隊與樊嘉院士團隊在Nature發表運用蛋白組學方法發現早期肝癌新藥物靶點的研究(查看詳細解讀:喜見花開鳳凰飛,中國人類蛋白質組計劃發現肝癌精準治療新靶點)擴展了人們對于肝癌領域研究的認識,但肝癌的發生發展是一個復雜的過程,受到多種內外環境因素的調控,尤其對于感染HBV的肝癌,系統性的相關研究目前報道還很少。蛋白表達水平和信號通路的異常是腫瘤最常見的特征,然而針對肝癌的蛋白組和磷酸化修飾組學研究現在還很少。近些年來的研究表明,相比于僅通過基因組分析,蛋白組和修飾組包含了更多的基因無法識別的新信息,這一觀察引出了蛋白基因組學的概念,綜合多組學數據的分析能夠更全面的認識腫瘤,也為腫瘤未來的精準治療提供新的思路和方向。2019年10月3日,復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究...
發布時間: 2019 - 10 - 15
報道/景杰學術2019年9月19日-22日,第二十二屆全國臨床腫瘤學大會暨2019年中國臨床腫瘤學會(CSCO)學術年會在廈門國際會議中心盛大起航!本次會議以“創新精準研究,探索智慧醫療”為主題,國內外近3萬名臨床腫瘤學領域的專家學者齊聚廈門,共襄盛舉。景杰生物作為腫瘤蛋白質組學領域領軍企業,再次亮相大會,攜手腫瘤醫學領域諸多大咖共話“精準研究”。蛋白質組學作為腫瘤精準醫療的核心,也是近年來CSCO會議上的熱門討論話題。本次大會首個報告,為中國人民解放軍軍事科學院賀福初院士帶來題為《蛋白質組學驅動的精準醫學》的大會報告。賀院士指出,腫瘤存在異質性,通過蛋白質組學研究能夠發現新的預后標志物及治療靶標,助力精準醫學未來發展。他以肝癌為例,介紹了如何通過蛋白組學判斷肝癌的不同階段、類型及預后,實現良惡性的區分。他指出,基礎醫學的發展是腫瘤防治事業進步的奠基石,蛋白組學基礎與轉化研究在腫瘤的診斷、分型及預后中存在重要價值,SOAT1有望在多癌腫中成為預后標志物及治療靶點,成為未來研究重點和發展方向?!?賀福初院士帶來題為蛋白質組學驅動的精準醫學的首場大會報告蛋白質組學的發展,為腫瘤的機理研究、分子分型、臨床診斷帶來了新的變革。作為腫瘤蛋白質組學科研服務領域的領軍企業,此次會議期間,景杰生物帶來的“全新一代,4D腫瘤蛋白質組學技術”專題報告,吸引了與會學者的熱烈關注和垂詢。新一代4D蛋白質組...
發布時間: 2019 - 09 - 24
編輯注 | 我們一直致力于打造蛋白質組學領域最自由的學術交流平臺,除專家視界欄目,通過不定期邀請領域內的專家與學者,或分享他們的見解和對未來的展望外,還將定期精選與蛋白質組學、翻譯后修飾等相關科學研究盤點,內容涵蓋精準醫學、表觀遺傳學與組蛋白修飾、外泌體、植物蛋白質組學等方面?;隊刈?!2019年9月21日,是第26個“世界阿爾茲海默病日”。阿爾茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一種以進行性記憶力減退、認知功能下降和人格改變為主要臨床表現的中樞神經系統退行性疾病。今年“世界阿爾茲海默病日”的主題是“從容面對,不再回避”,實際上“從容面對”阿爾茲海默癥并不容易。盡管2018年世界衛生組織已將阿爾茲海默與其他失智癥列入全球前五大致死原因,但人類始終對阿爾茲海默癥束手無策。與此同時,阿爾茲海默病還是老齡人口中發病率最高的疾病之一,據了解,2018年全球共有5000萬余人患有阿爾茲海默病,平均每3秒,就會新增一位患者。面對這一世界級難題,全球許多的科學家都投身于阿爾茲海默癥的病理和治療研究,以希望最終能夠攻克這一可怕的疾病。蛋白質組學是中心法則的中間位置,也是精準醫學研究的核心內容,為阿爾茲海默癥的研究提供了更精確、更可靠的信息。蛋白質組學在AD研究最常見的兩種模式:一是通過蛋白質組學、修飾組學尋找新型標志物。其中腦脊液檢測被稱為“金標準”,但取樣困難,而...
發布時間: 2019 - 09 - 24
景杰學術/解讀乙酰輔酶A是能源物質代謝的重要中間代謝產物,在體內能源物質代謝中是一個樞紐性的物質。糖、脂肪、蛋白質三大營養物質通過乙酰輔酶A匯聚成一條共同的代謝通路——三羧酸循環和氧化磷酸化,經過這條通路徹底氧化生成二氧化碳和水,釋放能量用于ATP的合成。乙酰輔酶A作為乙?;┨逵糜贜ε-賴氨酸乙?;?,實現蛋白質乙?;?。最新研究發現,內質網乙?;δ蓯У鞲⒂約巴誦行約膊∶芮邢喙?。AT-1/SLC33A1是內質網乙?;頻墓丶鞍?,它將乙酰輔酶A從細胞質轉運到ER腔中。AT-1/SLC33A1基因在自閉癥患者和智力殘疾的患者中過表達。AT-1/SLC33A1中的雜合突變與家族性痙攣性截癱相關,而純合突變與發育遲緩和過早死亡有關。2019年9月2日,Nature Communications發表了威斯康星大學麥迪遜分校醫學系Luigi Puglielli教授團隊的最新研究成果,研究者運用蛋白質組學、乙?;奘巫檠Ъ際躚芯苛聳У韉腁T-1活性對細胞內乙酰輔酶A穩態的影響。研究發現,由低活性或過分活躍的AT-1引起的細胞內乙酰輔酶A通量的變化會對表型產生重要影響。AT-1是細胞內通訊網絡的重要組成部分,可促進不同細胞區室和細胞器之間的功能性交流,從而維持乙酰輔酶A穩態。 為了研究AT-1活性對細胞內乙酰輔酶A穩態的影響,研究者首先建立了兩種AT-1失調的模型:AT-1單倍體...
發布時間: 2019 - 09 - 23
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